因为硝化细菌在进行硝化作用的过程中，需要消耗极高的氧气，因此，如何在水循环的流程内，把充分的氧气及水中待分解的有机质平均的送进过滤材料中，让硝化细菌有效地把它分解完毕，是设计循环水流的重要考虑点。我们必须认识到，太大的水流会令硝化细菌无以立足，无法生成密实的硝化网。太缓的水流又无法达到输送氧气及有机物的功能，产生一些死角，造成厌氧区，累积不必要的氨及硫化氢等废气，反倒不利水质的安定性。
·有力的水流
水流运动可使水族箱中的每一个地方，如角落、裂缝、洞穴以及珊瑚周围的水都能够得到不停的更换。我们必须设法防止有水流静止的区域存在。水流的运动就能使无脊椎动物上的单细胞虫黄藻的代谢产物会因水流的运动被清除。而有机物的食物也会因水流作用被送到生物栖息地附近，使他们更容易摄食。
综合上述，水族箱的水流是很重要的，用循环式水泵在水族箱中制造每小时至少5次的水流循环速度是较理想的，采用两个泵，使水流每6小时更换一次方向，定时开关，就更好了。
活生物石的应用
设置和维护活生物石（活珊瑚礁岩）是建立一个完美海水水族箱的重要条件、。这些活的“石头”，只要给它们一些时间，这些活“石头”会给你“意外的惊喜”。无数的藻类和生物都将会重新生长，使得小型珊瑚礁石生态再度变成独立完整的生物圈，借着活珊瑚的存在，水族箱会更容易养殖海水观赏鱼和海洋生物，为什么会如此，我们仍在研究，但它确实很有作用，这才是重要的。
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