东莞市国家税务局是东莞市主管国家税收工作的职能部门，为正处级全职能局。
东莞市国家税务局设置13个内设机构，3个直属机构，3个事业单位，除稽查局级别为副处级外，其他单位级别为正科级;派出机构共33个，均为税务分局，全部为正科级建制。
1.内设机构
东莞市国家税务局设置13个内设机构，级别为正科级。
(1)办公室(主要负责人：陈柱江)
拟订本系统年度工作计划、有关工作制度;起草和审核重要文稿;负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作;承担税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作;承办网站运行和维护工作;组织税收科研、学术交流工作;负责政务信息工作。
(2)政策法规科(主要负责人：温苑平)
组织落实综合性税收政策;承担机关有关规范性文件合法性审核工作;承办局外综合性税收政策文件会办工作;承担重大税收案件审理工作;办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件;组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查，承担税收执法质量考核工作;配合财政、审计等部门对税务部门的监督与审计工作;组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案的有关事项。
(3)货物和劳务税科(主要负责人：陈子彬)
组织实施增值税、消费税、营业税、车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法;对有关税种的具体业务问题进行解释和处理;组织实施有关税种的纳税评估、税源管理等办法;负责增值税专用发票的行政(政策)管理工作;负责金税工程实施中属于货物和劳务税职责范围的有关工作;指导有关税种的日常管理、日常检查;参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
(4)所得税科(主要负责人：黄焱)
组织实施企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金(费)等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法;对有关税种的具体业务问题进行解释和处理;组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法;指导有关税种的日常管理、日常检查;参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
(5)收入核算科(主要负责人：谭彩华)
牵头编制年度税收计划、出口退(免)税计划，分配下达年度免抵调库计划;监督检查税款缴、退库情况;开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作;承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作;承担税收收入数据的综合管理应用工作。
(6)纳税服务科(纳税服务中心，主要负责人：陈俊林)
组织、协调和指导本系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作;组织实施纳税服务工作规范和操作规程;组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件;组织协调、实施办税公开、纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉;指导税收争议的调解;负责中介机构的指导和规范管理;承担12366热线、网站纳税服务栏目、短信系统的运行管理工作。
(7)征收管理科(主要负责人：姜佳明)
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法;组织实施综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作;负责组织实施税收征管数据管理和应用办法;负责税收征管资料管理;承担税务登记、纳税申报、普通发票行政(政策)管理、税控器具推广应用等方面的相关工作;组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。
(8)财务管理科(主要负责人：钟镇帮)
负责各项经费预决算和收支的管理;组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本;组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项;承担本系统基本建设、资产管理、政府采购、着装管理工作;组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作;负责管理机关财务。
(9)人事科(主要负责人：王志豪)
组织落实干部人事管理制度;承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作;承担下一级领导班子及领导干部和后备干部的管理、考核及监督工作;监督检查本系统执行干部人事规章制度情况;办理出国政审事项;拟订年度巡视工作计划，组织开展巡视工作。
(10)教育科(主要负责人：林健)
组织实施本系统精神文明建设、税务文化建设和基层建设;拟订并组织实施人员培训、学历教育工作规划、年度计划，开展培训质量考核与评估;负责单位年度量化考核工作。
(11)监察室(主要负责人：黄国章)
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法;监督检查下一级领导班子及其成员贯彻民主集中制、选拔任用干部、贯彻党风廉政责任制和廉政勤政的情况;组织协调本系统的党风廉政建设和反腐败工作;受理对本系统工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉;查处本系统工作人员违法违纪案件及其他重要案件;开展执法监察和纠风工作。
(12)大企业和国际税务管理科(主要负责人：刘霞)
承担对大型企业提供纳税服务工作;承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作;承办汇总(合并)纳税企业税收日常检查的有关工作。
承担有关税收法律法规和国家(地区)间税收协议、协定(安排)的具体执行工作;组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题;管理机关和系统外事工作;组织实施反避税调查。
(13)进出口税收管理科(主要负责人：蓝仕华)
组织实施进出口贸易税收管理工作，拟订税收管理具体实施办法;承担出口货物退免税的审核审批、年终清算工作;组织进出口税收政策执行情况的日常监督检查;配合有关部门开展反骗税工作。
机关党委办公室　负责机关和直属单位的党群工作;承担机关思想政治工作和精神文明建设;承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作;组织实施全系统思想政治工作和党建工作;指导工会、共青团、妇委会工作。
离退休干部科　承担机关离退休干部的服务和管理工作，指导本系统离退休干部工作。
2.直属机构
东莞市国家税务局设置稽查局、车辆购置税征收管理分局、直属税务分局3个直属机构，稽查局级别为副处级，车辆购置税征收管理分局、直属税务分局级别为正科级;另设4个跨区稽查局，级别为正科级。
(1)稽查局(主要负责人：王志豪)
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法;组织、协调税收违法案件的查处、审理和执行工作;受理税收违法案件的举报;协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作;承担金税工程发票协查工作;牵头组织税收专项检查工作。负责莞城、东城、南城、万江、松山湖5个区(街道)及直属税务分局管辖范围的税务案件稽查工作。稽查局设8个内设机构(副科级)，分别是：办公室、综合选案科、检查一科、检查二科、检查三科、案件审理科、案件执行科、举报中心。
(2)车辆购置税征收管理分局(主要负责人：刘付翰)
组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件;承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作;承担车辆税收一体化管理工作;对核定各类车辆最低计税价格提出建议;管理车辆购置税票证。车辆购置税征收管理分局设3个内设机构(正股级)，分别是：办公室、税政股、办税服务厅。
(3)直属税务分局(主要负责人：张韶琴)
承担所辖纳税户的纳税申报审核、税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务及税款催报催缴、一般性违规违章行为处理等工作。直属税务分局设7个内设机构(正股级)，分别是：办公室、税源管理一股、税源管理二股、税源管理三股、税源管理四股、税源管理五股、办税服务厅。
(4)第一稽查局(主要负责人：赵永刚)
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法;负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作;负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作;负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合;负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作;负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作;负责金税工程发票协查工作;负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作;承办领导交办的其它工作。
(5)第二稽查局(主要负责人：陈玉明)
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法;负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作;负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作;负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合;负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作;负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作;负责金税工程发票协查工作;负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作;承办领导交办的其它工作。
(6)第三稽查局(主要负责人：罗育光)
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法;负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作;负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作;负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合;负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作;负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作;负责金税工程发票协查工作;负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作;承办领导交办的其它工作。
(7)第四稽查局(主要负责人：莫若波)
负责在管辖的范围内组织贯彻执行税务稽查规章制度，拟定具体实施办法;负责对市局交办、督办的重大税务违法案件的查处工作;负责市局转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作;负责市局稽查局对稽查情况进行复查复审的组织与配合;负责与管辖范围内的公、检、法等部门协调税务稽查中的司法工作;负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作;负责金税工程发票协查工作;负责牵头组织管辖范围内税收专项检查和整顿规范税收秩序等工作;承办领导交办的其它工作。
全市范围内的选案、审理、执行、举报中心等职能由市局稽查局统一负责，跨区稽查局业务受市局稽查指导，设3个内设机构(正股级)，分别为：检查一股、检查二股、检查三股。
3.事业单位
东莞市国家税务局设置3个事业单位，级别为正科级。
(1)信息中心(主要负责人：刘永坚)
落实税收管理信息化建设规划和实施方案，执行信息系统管理制度和技术标准;承担本系统信息化建设的技术支持、保障工作;承担税收管理信息系统的运行维护工作;组织本系统信息安全管理与实施;负责全系统计算机类固定资产的调拨、管理工作。
(2)机关服务中心(主要负责人：简文超)
承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订机关事务具体工作制度并组织实施;承担机关办公用品的采购、保管、分配、维修;参与机关后勤体制改革工作;指导本系统后勤服务工作，负责机关保卫工作;负责全系统非计算机类固定资产的调拨、管理工作。
(3)票证中心(主要负责人：樊敏彬)
承担税收票证、增值税专用发票、普通发票的管理工作。
4.派出机构
东莞市国家税务局派出机构共33个，全部为正科级建制的税务分局。根据税源管理范围和规模大小，各税务分局设5-7个内设机构，名称为：办公室、税源管理股(若干个)、办税服务厅，级别为正股级。
税务分局承担所辖纳税户的纳税申报核实、税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务及税款催报催缴、一般性违规违章行为处理等工作。