东莞市国税局于1994年9月底税务机构分设后成立，2009年规范机构设置后，在系统内设置13个行政科室，分别是：办公室、政策法规科、货物和劳务税科、所得税科、收入核算科、纳税服务科、征收管理科、财务管理科、人事科、教育科、监察室、大企业和国际税务管理科、进出口税收管理科;3个直属机构，分别是：稽查局、车辆购置税征收管理分局、直属税务分局，另设4个跨区稽查局，分别为第一至第四稽查局;3个事业单位，分别是：信息中心、机关服务中心、票证中心;派出机构共33个，名称为东莞市国家税务局××税务分局，为正科级建制。目前，全系统共有在职干部职工800多人，管辖全市50余万纳税户。
自成立以来，东莞市国税局在广东省国家税务局和东莞市委、市政府的正确领导下，坚持聚财为国、执法为民的工作宗旨，不断夯实税收征管基础，推进科学化、精细化管理，有力地促进了各项税收工作任务的完成。2017年全市国税税收收入1506亿元，为国家和东莞的经济社会发展作出了积极贡献。