无尘车间的大部分清洁工作都应按正规的时间安排定期、频繁的进行，只有小部分清洁作业虽按正常的时间安排定期进行，但没有过于频繁。无尘车间的有些清洁工作是针对污染产生的特殊情况来安排，而不是按正常的时间表进行的。
总体来说，清洁的频率应符合无尘车间的需求。在实践中要根据工艺的风险评定和清洁效果的评估进行必要的调整。清洁频率可概括为以下几种情况：
1、每日清洁
一般区域按规定应每日清洁，即至少24小时清洁一次。如气闸室、更衣区至少每日清洁一次，这些场所人员活动高度频繁，受到较严重的污染。因此，要求清洁的频率高于无尘车间。这些地方要按规定方法进行真空吸尘和拖擦等清洁工序，以防止污染物迁移到无尘室。
2、定期清洁
不是每日清洁的表面应该定期清洁，例如每周一次或两次。清洁时，产品可能需要覆盖或从该区域内移走。风险较小的表面可以安排较少的清洁次数，例如每个月或更长的时间间隔内清洁一次。例如无尘车间的某些墙面或顶棚，在清洁日常安排中也应列入计划。
还应该在计划中安排彻底清洁整个无尘车间设施的内容，其范围应包括贮存区、服务区、管道和设备等的清扫工作，安排在无尘车间较长时间停止生产的周末、假日或计划内的生产设施停止期内进行。一般情况下，无尘车间都是连续运行的，能彻底清洁的次数一年中可能不多，更需要事前安排、计划好，并做好人力与物质的准备，一旦生产设施停运，抓紧时间做好彻底清扫工作。
3、施工或维护期间及其后的清洁
无尘车间施工期间进行有效的清洁，对竣工后无尘车间的污染控制成效有重大影响，必须做到边施工边清洁，而不能竣工后在清洁。目前国内多数无尘车间施工过程的管理方式有待改进。
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