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加强电算化系统管理的内部制度建设问题
实行电算化以後，系统的正常、安全、有效运行的关键是操作使用。如果单位管理制度不健全或实施不力，都会给各种非法舞弊行爲以可乘之机。因此，会计主体的改变，也给内部控制下的制度赋予新的内涵。
严格机构和人员的管理与控制
会计核算软体投入正式使用後，对原有会计机构必须做相应调整，对各类人员制定岗位责任制度。会计电算化後的工作岗位可分爲基本会计岗位和电算化会计岗位。基本会计岗位可包括：会计主管、出纳、会计核算各岗、稽核、会计档案管理等工作岗位；电算化会计岗位包括：直接管理、操作、维修电脑及会计软体系统等工作岗位。机构调整必须同组织控制相结合，以实现职权分离，有效地限制和及时发现错误或违法行爲。如规定系统开发人员和维护人员不能兼任系统操作员和管理人员等。